En la actualidad la base del entrenamiento es el taijutsu (arte del movimiento del cuerpo) y se compone de métodos de lucha con o sin armas, que busca el manejo del cuerpo entero, como un todo. Los métodos sin armas se clasifican en tres categorías: dakentaijutsu (formas de golpe), jūtaijutsu (formas de combate suaves o de luxación), y taihenjutsu (habilidades en el movimiento del cuerpo).

Bujinkan Dojo es un sistema compuesto por nueve escuelas Tradicionales de Artes Marciales Japonesas. Las mismas son:

• Togakure Ryu Ninjutsu, se dice que fue fundada en el Siglo XII por Daisuke Togakure. Operaba en la zona sur de la región de Iga. Su principal enseñanza es la violencia debe ser evitada. Y eran conocidos por la utilizacion de tekko, senban nage, shuriken y Shindake para suiren.
• Kumogakure Ryu Ninjutsu, fundada en el Siglo XVI por Heinaizaemon Ienaga , se caracteriza por los saltos en el combate y el uso de golpes y bloqueos dobles.
• Gyokushin Ryu Ninjutsu, fundada por Sasaki Orouemon Akiyari. Utiliza proyecciones y se concentra sobre el aspecto estratégico y táctico.
• Gyokko Ryu Kosshijutsu, fundada en el Siglo XII, se caracteriza por uso de distancias largas, luxaciones, proyecciones y golpeo a músculos.
• Koto Ryu Koppojutsu, fundada en el Siglo XVI utiliza las distancias cortas. Métodos directos y cortos de golpeo sobre las articulaciones.
• Takagi Yoshin Ryu Jutaijutsu, fundada en el siglo XVII por Takagi Oriemon Shigenobu, utiliza técnicas de luxaciones, proyecciones, reducciones, controles, estrangulaciones y golpeo a puntos vitales.
• Shinden Fudo Ryu Dakentaijutsu, fundada en el Siglo XII. Una de las caraterísticas es el reconocimiento de la Naturaleza como forma defensiva.
• Kukishinden Ryu Happo Hikenjutsu, fundada en el Siglo XII. Se caracteriza por el uso de la armadura y el estudio de diversos utensilios tradicionales como bastones, espadas, lanzas, etc ...
• Gikan Ryu Koppojutsu, fundada en el Siglo XVI. Se caracteriza por el uso de patadas, ataques de puño y proyecciones.